História colnej správy na Slovensku je veľmi úzko spätá so spoločnou históriou colníctva v bývalom Československu. Po prvej svetovej vojne bolo Rakúsko-Uhorsko rozdelené na viaceré zvrchované krajiny v južnej a stredovýchodnej Európe. Československá republika sa stala spoločným štátom dvoch národov. Systém colníctva sa v nej vyvíjal v tom čase veľmi pomaly, predovšetkým preto, lebo chýbali skúsenosti, čo bol dôsledok dlhotrvajúceho dopadu predošlého štátneho usporiadania a zlej situácie v priemysle a hospodárstve. Toto obdobie bolo charakteristické silnými ochrannými opatreniami, ktoré mali za úlohu pomôcť ozdraviť vnútorný trh.

Veľký význam pre rozvoj colníctva mala predovšetkým dohoda GATT (General agreement on tariffs and trade), ktorá vstúpila do platnosti 1. januára 1948 a takisto vládna kríza, ktorá viedla k víťazstvu pracujúcej triedy (25. februára 1948) a Komunistickej strany v bývalom Československu. Colná správa v Československej socialistickej republike prebrala v roku 1953 model colného kódexu, ktorý bol vypracovaný podľa vzoru bývalého Sovietskeho zväzu. Colná legislatíva, podobná ako vo všetkých ostatných socialistických krajinách, poskytovala všeobecnú kontrolu vláde nad zahraničným obchodom. Colná správa bola začlenená pod Federálne ministerstvo zahraničného obchodu. Colný zákon č. 44/1974 Zb., ktorý vstúpil do platnosti 1. januára 1975, zahrňoval všetky potrebné zmeny na eliminovanie obmedzení vychádzajúcich zo zákona č. 36/1953 Zb., z dôvodu politicko-ekonomických zmien za posledných dvadsať rokov.

Zásadné zmeny a nové politické usporiadanie na konci roku 1989 viedli takisto k zmene koncepcie výkonu služby. Federálne ministerstvo zahraničného obchodu bolo zrušené a štátnym orgánom, ktorý zastrešoval Colnú správu, sa stalo Federálne ministerstvo financií. Bol prijatý nový colný zákon č. 618/1992 Z.z., ktorý vstúpil do platnosti 1. januára 1993, v deň, kedy sa Československá federatívna republika rozdelila na dve nezávislé krajiny. Na mape Európy sa vtedy objavili dva nové štáty - Česká republika a Slovenská republika. Bolo potrebné zmeniť organizačnú štruktúru colnej správy tak, aby čo najlepšie vyhovovala novým podmienkam. Vznikla Colná správa Slovenskej republiky v pôsobnosti Ministerstva financií SR, zložená z Colného riaditeľstva SR so sídlom v Bratislave a regionálnych colných úradov.

Nová západná štátna hranica priniesla komplikácie hneď po rozdelení Československa, pretože bol nedostatok potrebných zariadení, nevyhnutných na výkon služby. Situácia sa však v krátkom čase vyriešila. Medzi Slovenskou republikou a Českou republikou bola zavedená colná únia, vyplývajúca z Dohody o colnej únii, ktorá bola podpísaná 29. októbra 1992. Slovenská republika začala pracovať na novej legislatíve, ktorá mala zodpovedať prioritám vývoja nezávislej krajiny. Výsledkom tohto úsilia bol zákon 180/1996 Z.z. Počas jeho platnosti začala Slovenská republika integračný proces, potrebný na vstup do Európskej únie. Popri iných úlohách bolo nevyhnutné implementovať niektoré ustanovenia colníctva Európskej únie do Slovenskej colnej legislatívy. Takmer plne kompatibilný zákon s legislatívou EÚ - colný zákon č. 238/2001 Z.z. vstúpil do platnosti 1. júla 2001.

Viac o histórii colnej správy
v rokoch 800 - 1918
v rokoch 1918 - 1938
v rokoch 1939 - 1989.