Pôvod tovaru má významnú úlohu v rámci colného konania pri prepúšťaní tovaru do režimu voľného obehu. Od neho závisí, aké colné sadzby a colné zvýhodnenia resp. preferencie je možné získať a využívať pri dovoze tovaru. Predpokladom výberu náležitej colnej sadzby alebo priznania akéhokoľvek colného zvýhodnenia alebo preferencie je preukázanie krajiny pôvodu tovaru. Z hľadiska pôvodu poznáme nepreferenčný pôvod tovaru a preferenčný pôvod tovaru. Určením pôvodu tovaru a jeho preukazovaním sa zaoberajú tzv. pravidlá pôvodu tovaru.

Uplatňovaním nepreferenčného pôvodu tovaru a použitím jeho pravidiel sa nedá dosiahnuť žiadna preferencia. Pri nepreferenčnom pôvode tovaru hrá významnú úlohu údaj o krajine pôvodu, ktorý je veľmi podstatnou súčasťou colného vyhlásenia na prepustenie tovaru do navrhovaného režimu. Ďalšiu významnú úlohu má tento údaj pre potreby štatistického vykazovania a sledovania pôvodu tovaru ako aj pri uplatnení niektorých netarifných opatrení. Informácie z colnej štatistiky sú veľmi dôležitým podkladom pre realizáciu obchodno-politických opatrení každého štátu pri dovoze tovaru z určitých krajín. Nepreferenčný pôvod tovaru potvrdzujú kompetentné orgány vyvážajúcej krajiny osvedčením o jeho pôvode tzv. „Certificate of Origin“.

Uplatňovaním preferenčného pôvodu tovaru a použitým jeho pravidiel sa pri dovoze tovaru uplatňujú preferenčné colné sadzby. Môžu sa uplatniť a poskytnúť jednostranne na autonómnom základe alebo vzájomne na zmluvnom základe.
Jednostranné colné preferencie sa poskytujú na tovar pôvodný v rozvojových alebo najmenej rozvinutých krajinách v rámci tzv. Všeobecného systému preferencií (Generalized System of Preferences – GSP) alebo na tovar pôvodný v iných zvýhodnených krajinách alebo územiach. Tento systém je založený na nerecipročnom základe.
Druhou kategóriou sú zmluvné preferencie, ktoré sa uplatňujú na základe dvojstranných alebo mnohostranných medzinárodných dohôd a ktoré sú právnym základom na poskytovanie preferenčných sadzieb. Preferenčné colné sadzby sa uplatňujú na základe reciprocity. Uzatváraním takýchto dohôd dochádza k vzniku spoločenstiev dvoch alebo viacerých krajín, ktorých ekonomiky sa postupne prepojujú, pričom dochádza k integrácii týchto krajín a vzniku oblastí (zón) voľného obchodu a colných únií. Súčasťou týchto dohôd sú preferenčné pravidlá pôvodu tovaru, ktoré sú obsiahnuté v samostatných protokoloch k týmto dohodám (Protokol týkajúci sa definícií termínu „pôvodné výrobky“ a metód administratívnej spolupráce). Protokol obsahuje podmienky, ktoré sa musia dodržať pri výrobe príslušného výrobku, aby sa tento mohol považovať za pôvodný a podliehal preferenčnému zaobchádzaniu pri jeho dovoze do štátu, ktorý je zmluvným partnerom v rámci príslušnej dohody.